Pengadilan Agama Wonosari dibentuk berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 61 Tahun 25 Juli 1961 dan mulai berlaku efektif tanggal 1 Agustus 1961. Gedung pertama Pengadilan Agama Wonosari berdiri di atas tanah seluas 940 m² dan luas bangunan 150 m² yang terletak di Jalan Alun-Alun Barat (Saat ini Jl, Masjid), Kepek, Wonosari. 

Kekuasaan Pengadilan menurut Undang Undang nomor 7 tahun 1989 ialah Pengadilan Agama bertugas dan berwenang memeriksa, memutus dan menyelesaikan perkara-perkara tingkat pertama antara orang-orang yang beragama Islam.

Sebelum berdirinya Pengadilan Tinggi Agama Yogyakarta, yurisdiksi Pengadilan Agama Wonosari berada di dalam yurisdiksi Pengadilan Tinggi Agama Semarang hingga tahun 1993. Pengadilan Agama Wonosari dan pengadilan agama dalam wilayah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta selanjutnya berada di bawah yurisdiksi Pengadilan Tinggi Agama Yogyakarta yang berdasarkan Undang-Undang  Republik Indonesia  Nomor 20 Tahun 1992  tanggal 31 Agustus 1992 dan diresmikan pengoperasiannya pada tanggal  30 Januari 1993 oleh Ketua Mahkamah Agung RI.

Sebelum tahun 2002, Angka perceraian tertinggi (perkara terbanyak) di DIY terdapat di Pengadilan Agama Wonosari. Pengadilan Agama Wonosari menempati urutan teratas dari jumlah perkara yang diterima dan diputus, disusul Pengadilan Agama Sleman, Bantul, Yogyakarta dan Wates. Sejak tahun 2003 Pengadilan Agama Sleman menempati rangking pertama dilihat dari jumlah perkara yang diterima dan diputus, sedang diurutan berikutnya Pengadilan Agama Wonosari, Bantul, Yogyakarta dan Wates. Jumlah perkara di Pengadilan Agama Wonosari semakin menurun, sejak tahun 2004 hingga sekarang Pengadilan Agama Wonosari menempati urutan ketiga, sedangkan perkara terbanyak pada urutan pertama dan kedua ditempati Pengadilan Agama Sleman dan Bantul. Wilayah yuridiksi Pengadilan Agama Wonosari mencakup 18 Kecamatan dengan 144 desa.

Berkaitan dengan ketentuan dari Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 4 Tahun 2004 yang menyatakan organisasi, administrasi, dan keuangan Mahkamah Agung dan badan peradilan yang berada di bawahnya berada di bawah kekuasaan Mahkamah Agung (Pasal 13 Undang-Undang Republik Indonesia No. 4 Tahun 2004), maka sejak 30 Juni 2004 lalu, Peradilan Agama resmi berada di bawah naungan Mahkamah Agung.

Dengan adanya perubahan-perubahan yang ada pada Peradilan Agama tersebut, berarti juga membawa perubahan dan perkembangan bagi Pengadilan Agama Wonosari sebagai bagian dari Peradilan Agama di Indonesia.

Dalam  upaya meningkatkan pelayanannya bagi masyarakat pencari keadilan, pada tahun 2012 dan diresmikan tanggal 11 Januari 2012 Oleh Dr. H. Harifin A. Tumpa, S.H., M.H. Pengadilan Agama Wonosari pindah di gedung baru yang beralamat di Jalan Judoningrat, Siraman, Wonosari, Kabupaten Gunungkidul, dengan luas bangunan 1.200 m2 (2 lantai), sedangkan luas tanah 3.800 m2.

Ketua Pengadilan Agama Wonosari dari tahun 1962 s.d sekarang

NO	Nama Ketua	Tahun Peroide
1	KH. Amar Rosidi	1962 - 1980
2	Drs. H. Muhsinun, SH	1981 - 1996
3	Drs. Sukemi, SH	1996 - 1999
4	Drs. Fakhruddin Cikman, SH	1999 - 2002
5	Drs. Muchsin, SH	2002 - 2004
6	Drs. H. Agus Sugiarto, SH, MSI	2004 - 2008
7	Drs. Jeje Jaenudin, MSI	2009 - 2011
8	Drs. H. Abdul Ghofur, SH., MH	2012 - 2013
9	Drs. M. Nasir, MSI	2013 - 2015
10	Dr. Mohamad Jumhari	2015 - 2017
11	Dr. H. Hafifulloh, SH., MH.	2017 - 2021
12	Rogaiyah, S.Ag.	2021 - 2022
13	Moehamad Fathnan, S.Ag., M.H.I.	2022 - 2023
14	Dr. Jamadi, Lc., M.E.I.	2023 - Sekarang

Agama dan Tempat Peribadatan Di Gunungkidul
Menurut data BPS Kab. Gunungkidul, dikelompokkan berdasarkan agama dan wilayah, diperoleh data sebagai berikut :

No	Kecamatan	Agama							Jumlah
		Islam	Protestan	Katolik	Hindu	Budha	Konghucu	Lainnya
1.	Panggang	29.017	385	229	-	38	-	4	29.673
2.	Purwosari	21.188	85	32	-	-	-	-	21.305
3.	Paliyan	32.811	192	159	7	2	1	-	33.172
4.	Saptosari	39.684	372	11	206	0	-	-	40.273
5.	Tepus	36.040	458	150	1	1	-	-	36.040
6.	Tanjungsari	28.951	475	104	5	-	-	-	29.535
7.	Rongkop	29.053	526	113	-	-	1	72	29.765
8.	Girisubo	24.742	589	99	-	-	-	122	25.552
9.	Semanu	59.159	572	934	6	-	-	11	60.682
10.	Ponjong	55.697	638	221	-	-	-	-	56.556
11.	Karangmojo	53.189	2.378	1.408	-	-	-	-	56.975
12.	Wonosari	83.344	2.750	4.462	13	-	-	8	90.577
13.	Playen	58.448	856	2.936	86	-	-	3	62.329
14.	Patuk	34.772	237	105	4	-	-	-	35.118
15.	Gedangsari	39.555	228	466	7	-	-	1	40.257
16.	Nglipar	33.566	217	76	1	-	-	8	33.868
17.	Ngawen	33.546	553	801	606	-	-	-	35.506
18.	Semin	56.188	1131	497	17	-	-	-	57.833
Kabupaten Gunungkidul		748.950	12.742	12.803	959	41	2	229	775.726